scanpy

SUMMARY

它能做什么

该Agent技能提供了使用Scanpy的标准单细胞RNA-seq分析流程，涵盖质量控制、归一化、降维（PCA/UMAP/t-SNE）、聚类、差异表达、可视化，以及将R友好的单细胞格式（如Seurat或SingleCellExperiment RDS文件）转换为Scanpy可用的h5ad格式。技能包含用于端到端和分步工作流的CLI脚本工具包、参考文档和模板，旨在使用成熟工作流进行探索性scRNA-seq分析。对于深度学习模型，技能引导用户使用scvi-tools；对于数据格式问题，引导用户使用anndata。技能源文件经检查为Markdown文件，共321行，包含安装说明、使用指南和参考资料。