datamol

SUMMARY

它能做什么

Datamol 是一个 Python 库，为 RDKit 提供轻量级、Pythonic 的抽象层，用于分子化学信息学。它通过合理的默认设置、高效的并行化和现代化的 I/O 能力简化了复杂的分子操作。所有分子对象都是原生的 rdkit.Chem.Mol 实例，确保与 RDKit 生态系统的完全兼容。该技能涵盖分子格式转换（SMILES、SELFIES、InChI）、结构标准化和净化、分子描述符和指纹、3D 构象生成和分析、聚类和多样性选择、骨架和片段分析、化学反应应用、可视化和对齐、带并行化的批量处理，以及通过 fsspec 的云存储支持。它需要 Python 3.8+ 和 datamol（通过 uv pip install 安装），自 datamol 0.12.2 起 RDKit 作为依赖自动安装。可选的 s3fs/gcsfs 用于云 I/O。该技能是 K-Dense 的 Scientific Agent Skills 的一部分，并根据 Apache-2.0 许可（如源 SKILL.md frontmatter 中所述）。