pacsomatic

SUMMARY

它能做什么

该技能为nf-core/pacsomatic提供了一个可复现的执行工作流，以单个辅助入口点（scripts/run_pacsomatic.py）为核心，负责验证、工件生成和可选执行。它验证所需的标识符、文件、参考模式和运行时先决条件；编写符合pacsomatic要求的样本表（patient,sample,status,bam,pbi）；生成params YAML和启动脚本以实现可复现的重新运行；支持dry-run验证和运行/提交执行路径。它旨在从BAM文件运行配对肿瘤-正常样本分析、生成或修复样本表和启动工件、在本地执行或提交到调度器（LSF/Slurm/PBS/SGE）、执行dry-run验证以及排查启动失败。除非明确要求，否则不用于深度生物学解释或编辑流水线内部。