ontology-term-resolution

SUMMARY

它能做什么

该Agent技能将自由文本的科学标签解析为本体术语ID，并针对EBI本体查找服务（OLS4）验证现有的CURIE。它适用于任何需要生成或检查本体标识符的场景，包括注释组织、细胞类型、疾病、表型、检测、化学物质、生物体、性别或发育阶段字段；准备GEO、ENA、BioSamples、CELLxGENE、HCA或ISA-Tab提交的元数据；审计术语ID的元数据表；检查术语是否过时以及被什么替代；或在本体之间进行映射。该技能提供两个脚本：resolve_terms.py（文本到ID）和validate_terms.py（ID到判定）。它需要Python 3.11+和网络访问https://www.ebi.ac.uk/ols4（公共，无需API密钥）。该技能是K-Dense的Scientific Agent Skills的一部分，并根据MIT许可证授权。