bioservices

SUMMARY

它能做什么

该技能提供了统一的Python接口，可访问40多个生物信息学网络服务和数据库，支持在Python工作流中检索生物数据、跨数据库查询、标识符映射、序列分析以及整合多个生物信息资源。它支持REST和SOAP/WSDL协议。该技能包括蛋白质分析（UniProt、PDB、Pfam）、通路发现（KEGG、Reactome）、化合物数据库搜索（ChEBI、ChEMBL、PubChem）、序列分析（BLAST、MUSCLE）、标识符映射（UniProt、UniChem）、基因本体查询（QuickGO）以及蛋白质-蛋白质相互作用（PSICQUIC、IntactComplex、OmniPath、STRING）等功能。它还提供了多服务集成工作流和常见任务的脚本。该技能需要Python 3.9–3.12和互联网访问。NCBI BLAST需要通过NCBI_EMAIL环境变量或显式参数提供联系电子邮件。大多数服务不需要API密钥。该技能是K-Dense的Scientific Agent Skills库的一部分，并根据提交记录中声明的MIT许可证分发。